C’est sous les Qing que la relation entre le Tibet et la Chine se radicalisa. Au XVIème siècle, l’empire décadent des Ming fut l’objet des menaces mandchous. En 1634, Hung Taiji défit le dernier Khan mongol, repoussant définitivement ce peuple vers le Nord et marquant la chute de la dynastie des Ming. Or les Mongols ne s’avouèrent pas vaincus, et l’empereur Mandchou Kangxi fut même contraint de demander l’aide du Dalaï Lama, détenteur d’une forte autorité sur les Mongols, pour que ces derniers cessent leurs raids meurtriers aux frontières.
Malgré cette coopération, les Mandchous tentèrent d’asseoir leur pouvoir au Tibet et leurs troupes entrèrent à plusieurs reprises sur les hauts plateaux. En 1793, les Mandchous envoyèrent à Lhassa tout un contingent de cadres de l’administration impériale (les ambans) avec pour tâche d’organiser l’administration tibétaine alors dirigée par le Kashag (Cabinet des ministres) et les Kalons (ministres). Les vues diffèrent quant au rôle des ambans. Selon Pékin ils « guidaient » le Kashag et avaient des pouvoirs de décision très étendu, les Kalons, ministres tibétains, devant se soumettre à leurs ordres. De plus, ils géraient les affaires extérieures du Tibet et avaient le devoir d’entériner le choix des réincarnations des Dalaï Lama et Panchen Lama. Ils sont donc aujourd’hui considérés par les autorités chinoises comme une preuve de la souveraineté chinoise sur le Tibet. Mais le Dalaï Lama actuel soutient une autre version qui affirme que les ambans étaient uniquement là pour informer les Qing de la situation au Tibet et superviser les garnisons chinoises chargées de tenir les troupes Mongoles à distance. Ils ne jouèrent jamais aucun rôle dans les activités et les décisions du Kashag, déclare-t-il. Certains chercheurs considèrent aujourd’hui que le Tibet fut, sous la dynastie Mandchou, un vague protectorat chinois, mais que les officiels tibétains continuaient de gouverner leur pays avec leur propre législation et leurs propres responsables.
Avec la fin de la dynastie Mandchou, la Chine se désintégra. L’empire était en déclin, écartelé entre de nombreuses rivalités seigneuriales mettant le pays à feu et à sang. A partir de ce moment, la domination de la Chine sur le Tibet ne fut plus que symbolique. Or le Tibet commit à ce moment là une erreur qui eu de graves conséquences. Heureux de se voir libéré des velléités chinoises, il ne prit pas conscience de la nouvelle menace régionale représentée par les puissances coloniales telles que la grande Bretagne, et ne se prépara pas à lutter contre elles.
